Après la mort du dictateur Scolar Visari sur Helghan, ce qui reste des forces de l'ISA (Alliance Stratégique Interplanétaire) sur la planète est pris sous les feux de deux factions Helghast : l'une contrôle les industries de guerre, l'autre le secteur politique. Chacune de ces deux factions se bat pour reprendre le contrôle de l'empire Helghast. Ce troisième opus est moins violent que le second5 et permet au joueur d'en savoir un peu plus sur la culture Helghast